31.1 软件配置

从 GitHub 下载最新版的源码包 https://github.com/stan-dev/cmdstan/releases/latest,编译二进制版本

tar -xzf /Users/xiangyun/Desktop/cmdstan-2.26.0.tar.gz -C /opt/
cd cmdstan-2.26.0
make build

设置环境变量 CMDSTAN 指向 CmdStan 安装路径,加载 cmdstanr 包会自动检测和加载

Sys.setenv(CMDSTAN="/opt/cmdstan-2.26.0")

还可以设置环境变量 CMDSTANR_NO_VER_CHECK=TRUE,让 cmdstanr 不要检查 CmdStan 版本状态,是不是最新版,比如本书将固定下 CmdStan 版本为 2.26.0

cmdstanr 当前还在开发中,安装方式如下

remotes::install_github('stan-dev/cmdstanr')
# 或者
install.packages("cmdstanr", repos = c("https://mc-stan.org/r-packages/", getOption("repos")))

另有一篇博文介绍在 Windows 系统上安装 cmdstanr 的过程,这里不做展开。

# rstan
# brms
# rstanarm
remotes::install_github('rmcelreath/rethinking')